Der vielgestaltige geologische Untergrund des Thüringer Waldes und der Einfluss der Landschaftsform des Mittelgebirges auf das lokale Klima bieten einer großen Zahl von Pflanzenarten mit unterschiedlichsten ökologischen Ansprüchen optimale Wachstumsbedingungen. Die naturräumliche Gliederung des Landes Thüringen unterscheidet sieben Naturraumtypen als da wären: Mittelgebirge, Muschelkalk-Hügelländer, Buntsandstein-Hügelländer, Basaltkuppenland, Niederungen und Auen, Ackerhügelländer sowie an Gebirgsrändern gelegene Zechsteingürtel. Wälder machen einen Großteil der natürlichen Vegetation Thüringens aus, wobei nach den angeforsteten Fichtenbeständen Buchenwälder und in diesen die Rotbuche dominieren. Nach ihren Bewohnern lassen sich diese noch in Hainsimsen-, Waldgersten-, Orchideen- und Waldgersten-Buchenwälder klassifizieren. Andere Baumarten können sich nur dort durchsetzen, wo weniger gute Standortbedingungen vorhanden sind.
Fauna und Flora mussten sich andererseits der Kulturlandschaft anpassen, die aus Wäldern, Äckern, Grünland, Gewässern und Siedlungen besteht. Thüringen zählt zu den Bundesländern mit dem höchsten Anteil an Wäldern. Ungefähr ein Drittel der Fläche ist von Wäldern bedeckt. Im Januar des Jahres 2007 wurden dem Thüringer Wald vom Orkan Kyrill immense Schäden durch Windbruch zugefügt. An Stelle von Fichten wurde nun mit Eichen und Buchen aufgeforstet.
Das Grünland wird hauptsächlich von Trocken- oder Halbtrockenrasen geprägt. Im Hügelland gibt es aber immer noch artenreiche Frischwiesen. Diese werden häufig als Weiden für Rinder, Schafe und Pferde genutzt. In einigen Gebieten des Thüringer Waldes hat die Wildkatze ihr Refugium gefunden. Ebenso ist der Luchs vereinzelt anzutreffen. Selten gewordene Vögel wie das Birkhuhn, der Schwarzstorch oder der Wachtelkönig nisten in den Naturschutzgebieten.
Dies alles ist um so erfreulicher, da noch bis Anfang/Mitte der 90 er Jahres des vergangenen Jahrhunderts starke Eintragungen von Industrieschmutz die Natur nachhaltig geschädigt hatten. Dennoch sind noch lange nicht alle Altlasten bewältigt. Für die Natur kann man trotzdem hoffnungsfroh in die Zukunft schauen, hat doch das Land Thüringen und speziell der Thüringer Wald ein Großteil seiner natürlichen Schönheit zurück gewonnen.